Difference between revisions 1553657 and 1553659 on afwiki

{{gaan taal na}}
'''Lusmodellering''' is 'n probleem in die voorspelling van proteïenstruktuur wat die voorspelling van die konformasies van lusstreke in proteïene vereis met of sonder die gebruik van 'n strukturele sjabloon. Rekenaarprogramme wat hierdie probleme oplos, is gebruik om 'n wye reeks wetenskaplike onderwerpe van ADP tot borskanker te ondersoek. Omdat proteïenfunksie bepaal word deur die vorm en die fisiologiese eienskappe van die blootgestelde oppervlak, is dit belangrik om 'n akkurate model vir proteïen/ligand-interaksiestudies te skep.<ref>{{cite journal|last=Perraud|first=AL |author2=Takanishi, CL |author3=Shen, B |author4=Kang, S |author5=Smith, MK |author6=Schmitz, C |author7=Knowles, HM |author8=Ferraris, D |author9=Li, W |author10=Zhang, J |author11=Stoddard, BL |author12=Scharenberg, AM|title=Accumulation of free ADP-ribose from mitochondria mediates oxidative stress-induced gating of TRPM2 cation channels.|journal=The Journal of Biological Chemistry|date=Feb 18, 2005|volume=280|issue=7|pages=6138–48|pmid=15561722|doi=10.1074/jbc.M411446200}}</ref><ref>{{cite journal|last=Baloria|first=U|author2=Akhoon, BA |author3=Gupta, SK |author4=Sharma, S |author5= Verma, V |title=In silico proteomic characterization of human epidermal growth factor receptor 2 (HER-2) for the mapping of high affinity antigenic determinants against breast cancer.|journal=Amino Acids|date=Apr 2012|volume=42|issue=4|pages=1349–60|pmid=21229277|doi=10.1007/s00726-010-0830-x}}</ref> Omdat proteïenfunksie bepaal word deur die vorm en die fisiologiese eienskappe van die blootgestelde oppervlak, is dit belangrik om 'n akkurate model vir proteïen/ligand-interaksiestudies te skep.<ref>{{cite journal|last=Fiser|first=A|author2=Sali, A |title=ModLoop: automated modeling of loops in protein structures.|journal=Bioinformatics (Oxford, England)|date=12 Desember 2003|volume=19|issue=18|pages=2500–1|pmid=14668246|doi=10.1093/bioinformatics/btg362}}</ref> Die probleem ontstaan ​​dikwels in homologiemodellering, waar die tersiêre struktuur van 'n aminosuurvolgorde voorspel word gebaseer op 'n volgordebelyning na 'n sjabloon, of 'n tweede volgorde waarvan die struktuur bekend is. Aangesien lusse hoogs veranderlike rye het, selfs binne 'n gegewe struktuurmotief of proteïenvou, stem hulle dikwels ooreen met ongeoorloofde streke in volgordelyne. Hulle is ook geneig om by die oplosmiddel-blootgestelde oppervlak van bolvormige proteïene te(contracted; show full)s wat deur die onbekende lusstruktuur geskep is, in te vul. Sommige van hierdie programme sluit in MODELLER, Loopy, en RAPPER; Maar elk van hierdie programme benader die probleem op 'n ander manier. Byvoorbeeld, Loopy gebruik monsters van torsiehoekpare om die aanvanklike lusstruktuur te genereer, en dit hersien hierdie struktuur om 'n realistiese vorm en sluiting te handhaaf, terwyl RAPPER van die een kant van die gaping na die ander bou deur die stam met verskillende steekproewe uit te brei tot
 Ddat die gaping is gesluit. Nog 'n metode is die "verdeel en verower" benadering. Dit behels die onderverdeling van die lus in 2 segmente en dan herhaaldelik verdeel en omskep elke segment totdat die lus klein genoeg is om opgelos te word.gesluit is.<ref>{{cite journal|last=Holtby|first=Daniel|author2=Shuai Cheng Li |author3=Ming Li |title=LoopWeaver – Loop Modeling by the Weighted Scaling of Verified Proteins|journal=Lecture Notes in Computer Science|year=2012|volume=7262|pages=113–126|doi=10.1007/978-3-642-29627-7_11}}</ref> Nog 'n metode is die "verdeel en verower" benadering. Dit behels die onderverdeling van die lus in 2 segmente en dan herhaaldelik verdeel en omskep elke segment totdat die lus klein genoeg is om opgelos te word.<ref>{{cite journal|last=Tosatto|first=SC|author2=Bindewald, E |author3=Hesser, J |author4= Männer, R |title=A divide and conquer approach to fast loop modeling.|journal=Protein engineering|date=Apr 2002|volume=15|issue=4|pages=279–86|pmid=11983928|doi=10.1093/protein/15.4.279}}</ref> Selfs met al hierdie metodes is nie-sjabloongebaseerde benaderings die mees akkurate tot 12 residue (aminosure binne die lus).

Daar is drie probleme wat ontstaan wanneer 'n nie-sjabloongebaseerde tegniek gebruik word. Eerstens is daar beperkinge wat die moontlikhede vir plaaslike streekmodellering beperk. Een so 'n beperking is dat lustermini moet eindig by die korrekte ankerposisie. Ook, die Ramachandran-ruimte kan nie 'n ruggraat van dihedrale hoeke bevat nie. Tweedens, 'n modelprogr(contracted; show full){{Verwysings}}

== Eksterne skakels ==
* [http://modbase.compbio.ucsf.edu/modloop MODLOOP], openbare bediener om toegang te LLER se lus modellering fasiliteit
* [http://mordred.bioc.cam.ac.uk/~rapper RAPPER], openbare bediener vir toegang tot die RAPPER se proteïen modellering fasiliteit
* [http://bioinf-applied.charite.de/superlooper SuperLooper], SuperLooper tuisblad
* [http://falc-loop.seoklab.org FALC-Lus], FALC-Lus tuisblad
* [http://tanto.bioe.uic.edu/DiSGro DiSGro], DiSGro tuisblad